uwscで一定時間経過したら自動的に消えてくれるようなmsgboxを出す方法です
Windows Scripting Host の wshShell.Popup メソッドを使います
下記例では、ユーザーが何もボタンを押さなくても3秒経過したら自動的にダイアログが閉じて後続の処理(EXITEXIT)に進みます
// 既にリモートデスクトップウィンドウが存在したら終了
id = GETID("rcR9106812 - リモート デスクトップ接続","Transparent Windows Client", 1)
IFB !(id = -1) THEN
// wshを使い、3秒間だけエラーメッセージを表示してスクリプトを強制終了します
objShell = CREATEOLEOBJ("WScript.Shell")
objShell.Popup("既に rcR9106812 へ接続済みの為、終了します",3)
EXITEXIT
ENDIF
// IFB に該当しない場合、以下処理を続ける
EXEC("C:\Program Files\Internet Explorer\iexplore.exe https://www.goo.ne.jp/")
...
タイマー処理のことを「時限爆弾を仕掛ける」なんて言う先輩がいた事をふと思い出しましたw